Está constituida por el Decano, el Interventor, el Secretario, cuatro vocales y los correspondientes Delegados en cada una de las ocho provincias andaluzas, según Artículo 27 de los Estatutos del Colegio Oficial de Ingenieros Agrónomos de Andalucía.
Miembros de la actual Junta de Gobierno
Interventor: JUAN IGNACIO GARCÍA MESAS
Vocal: MARÍA JOSÉ GÓMEZ ENCINAS
Vocal: JAVIER GISTAS FERNÁNDEZ
Vocal: RAFAEL NAVARRO GÓMEZ-MENOR